- GOロケット団が再び姿を現し、サカキが「シャドウカイオーガ」を従えている
- 「シャドウホウオウ」が「シャドウレイド」に初登場する
- 新たに「シャドウポケモン」へ変えられたポケモンも存在
- 盗まれた宝イベントが開催される
- 新登場のポケモン「ブロロン」と「ブロロローム」が登場
- 「ブロロン」が12kmタマゴから出現し、進化させるためにアメが必要
- GOロケット団がポケストップや気球で出現するボーナス
- 「やつあたり」を忘れさせることができる「わざマシンスペシャル」の使用可能
- 「シャドウカイオーガ」を救出するためのスペシャルリサーチが登場
- 「スーパーロケットレーダー」を獲得してサカキを見つける
- 「シャドウホウオウ」が再登場し、「シャドウレイド」で出会える
- 色違いの「シャドウホウオウ」と出会う可能性あり
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